全基因组测序可识别癌症相关变异

yhs210

美国德州大学（UT）西南医学中心研究人员证明，全基因组测序可识别病人患遗传性癌症的风险，有望改善癌症的预防、诊断和护理。这项研究首次用全基因组测序评估了258个癌症病人的基因组，提高了诊断出有癌变倾向的基因变异的能力。相关论文在线发表于最近的《E生物医学》杂志上。
“全基因组测序是一种新的基因工具，能确定不止一个人的DNA序列。在临床已确定的变异中，已确诊的接近90%，加上其他癌症基因变异，并且全基因组测序的相关成本不断降低，这种方法会改善病人护理，帮助发现新的癌症基因。”内科医学教授、UT西南癌症遗传学项目主管西奥多拉·罗丝说。
UT西南癌症遗传学门诊部的医生和基因学顾问帮病人评估了患多种癌症的风险，包括肾、皮肤、肺、乳腺、卵巢、结肠、内分泌和前列腺等方面癌症。如果已知一个基因在遗传上有癌变倾向，并且给病人检查时发现了它，研究人员就会和病人商讨最好的方法来检测早期癌症，或预防癌症形成。
在所有癌症中，大约5%到10%是由已知的遗传基因变异导致的。这些变异可以代代相传，如最普遍的遗传乳腺癌就是由BRCA1和BRCA2基因变异导致。大部分人只知道BRCA基因突变对患乳腺癌有风险，但不知道它们还会增加患卵巢癌、前列腺癌、胰腺癌及其他癌症的风险。此外还有许多不同的基因，包括CDH1、CHEK2、PALB2、PTEN和TP53也和乳腺癌风险增加有关，研究人员还在不断发现可能影响癌变倾向的其他基因。
在本研究中，研究人员开发的新方法能分析全基因组测序中获得的大量数据。尤其是罗丝小组把含有BRCA1或BRCA2变异基因的病人组和不含BRCA变异基因病人组进行了对比。在BRCA组中，检查出了所有预期的BRCA1和BRCA2变异，至少88.6%的变异被确诊。相比之下，不含BRCA变异基因的病人组则查出了不同癌症基因变异。
“这些结果证明了全基因组测序能在那些非BRCA型‘神秘’病人中，检查出新的癌症基因变异，也证明在未来癌症临床中，全基因组测序还有更多的额外价值。”罗丝说，但还需要进一步调查，才能解释所发现的变异在临床上的精确含义。
“‘神秘’病人是那些有很强的癌症家族史，但在做了标准基因测试后，没有基因诊断结论的病人。但在我们的研究中，测序能发现神秘病人中有没有新的候选癌症基因变异。”罗丝说。