若通过编辑初审就会进入同行评审(peer review)阶段,由两位以上的审稿人从专业角度,客观判断研究论文是否适合发表,并给期刊建议。编辑在审阅审稿人报告后做出决定。论文在初审之后就得到“稿件录用”(manuscript acceptance)或是“小幅修改”(minor revision)的回复是相当少见的,“修改后重新提交”(revise and resubmit)的结果较为常见,也有经同行审稿后遭到拒稿的情况。退回修改时应仔细阅读审稿人的建议,逐项进行修改,并告诉主编新的版本更动了什么部分,说明每项审稿评论均已妥善处理。
每家期刊审稿周期不同。加利福尼亚大学(University of California)的计算生物学学生研究了PubMed搜索引擎中所有标明了投稿日期和同意录用日期的论文,发现在过去30年间,平均等待时间维持在100天上下。但特定期刊的等待时间发生了剧烈的变化。例如过去十年间《Nature》期刊的等待时间从85天增长到了150天;《PLoS ONE》期刊从37天增至125天。但与此同时,自2000年至2015年从同意录用到发表的周期却从50天左右降至了25天,这主要得益于出版技术的进步。